Biophysics Lab.

論文

山本大輔
「平面脂質二重膜の生体分子AFM観察への応用」
膜誌 47(1), 10-14 (2022)
https://doi.org/10.5360/membrane.47.10

R. Charoenwattanasatien, H. Tanaka, K. Zinzius, A.K. Hochmal, R. Mutoh, D. Yamamoto, M. Hippler and G. Kurisu
“X-ray crystallographic and high-speed AFM studies of peroxiredoxin 1 from Chlamydomonas reinhardtii”
Acta Crystallographica Section F 74(Pt 2), 86-91 (2018)
https://doi.org/10.1107/S2053230X17018507

D. Yamamoto, K. Noi and T. Ogura
“A substrate for observing histidine-tagged proteins by high-speed atomic force microscopy”
Fukuoka University Science Reports 47(1), 1-6 (2017)

D. Yamamoto and T. Ando
"Chaperonin GroEL-GroES functions as both alternating and non-alternating engines"
Journal of Molecular Biology 428(15), 3090-3101 (2016)
https://doi.org/10.1016/j.jmb.2016.06.017

角野歩、山本大輔、炭竈亨司、岩本真幸、出羽毅久、老木成稔
「膜内KcsAカリウムチャネルの原子間力顕微鏡による構造と動態解析」
生物物理 55（1）、005-010 （2015）
https://doi.org/10.2142/biophys.55.005

A. Sumino, D. Yamamoto, M. Iwamoto, T. Dewa and S. Oiki
“Gating-associated clustering-dispersion dynamics of the KcsA potassium channel in a lipid membrane”
Journal of Physical Chemistry Letters 5(3), 578-584 (2014)
https://doi.org/10.1021/jz402491t

K. Noi, D. Yamamoto, S. Nishikori, K. Arita-Morikawa, T. Kato, T. Ando and T. Ogura
"High-speed atomic force microscopic observation of ATP-dependent rotation of the AAA+ chaperone p97"
Structure 21(11), 1992-2002 (2013)
https://doi.org/10.1016/j.str.2013.08.017

S. Inoue, T. Uchihashi, D. Yamamoto and T. Ando
“Direct observation of surfactant aggregate behavior on a mica surface using high-speed atomic force microscopy”
Chemical Communications 47(17), 4974-4976 (2011)
https://doi.org/10.1039/C0CC05762B

2010年以前はこちら

外部資金

「熱ゆらぎ高速AFMによる構造物性可視化技術の開発」
挑戦的研究（萌芽）、代表、2021年度‐2023年度（21K18883）

「植物における過剰光ストレス応答の総合研究」
基盤S、分担、2021年度‐（21H05040）

「プロトン駆動力制御に伴う光合成タンパク質構造動態変化の高速AFMによる解析」
新学術領域研究（研究領域提案型）“新光合成：光エネルギー変換システムの再最適化” 公募研究、代表、2019年度-2020年度（19H04736）

「かぎりなくタンパク質に優しい高速原子間力顕微鏡の開発」
挑戦的研究（萌芽）、代表、2017年度-2019年度（17K19042）

「NPQに伴うチラコイド膜タンパク質構造動態変化の高速AFMによる測定」
新学術領域研究（研究領域提案型）“新光合成：光エネルギー変換システムの再最適化”公募研究、代表、2017-2018年度（17H05733）

学会発表・研究集会

Daisuke Yamamoto (Invited)
“Observation of photosynthetic proteins in thylakoid membrane by high-spe ed atomic force microscopy”
International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation, November15, 2022 (Kobe Fashon Mart, Kobe, Japan, November 15-18, 2022)

山本大輔
「チラコイド膜中に存在する光化学系II超複合体の高速AFMによる可視化」
日本生物物理学会第60回年会、2022年9月30日（函館アリーナ・函館市民会館、2022年9月28-30日）

山本大輔
「熱揺らぎ一定モード原子間力顕微鏡の開発」
日本生物物理学会第59回年会、2021年11月25日（オンライン開催、2021年11月25-27日）

井手美里、山本大輔
「高速AFMによるグラナ膜に内在するPSII側方運動の可視化」
日本生物物理学会第59回年会、2021年11月27日（オンライン開催、2021年11月25-27日）

山本大輔　（招待講演）
「チラコイド膜内光合成タンパク質の高速AFMによる構造ダイナミクス解析」
第94回日本生化学会大会、シンポジウム「革新的解析技術で迫る膜輸送タンパク質の実像」、2021年11月4日（オンライン開催、2021年11月3-5日）

山本大輔　（シンポジウム講演）
「高速原子間力顕微鏡によるチラコイド膜内構造の1分子観察」
第62回日本植物生理学会年会、2021年3月14日（オンライン開催、2021年3月14-16日）

山本大輔
「ホウレンソウグラナ膜における光化学系II分子間相互作用の高速AFMによる解析」
第57回日本生物物理学会年会、2019年9月25日（シーガイアコンベンションセンター、2019年9月24日～26日）

山本大輔、武藤梨沙
「ホウレンソウ由来ストロマラメラに内在するF0 c-リングの原子間力顕微鏡による観察」
第56回日本生物物理学会年会、2018年9月16日（岡山大学　津島キャンパス、2018年9月15日～17日）

Risa Mutoh, Takahiro Iida, Daisuke Yamamoto
“The dynamics of photosystem 2 and light-harvesting complex 2 in spinach grana membrane revealed by high-speed AFM”
第55回日本生物物理学会年会、2017年9月21日（熊本大学　黒髪北地区、2017年9月19日～21日）

平佐田 健太, 山本 大輔, 香月 美穂
“Microtubule stability and the tubulin molecule interactions within the microtubule lattice”
第54回日本生物物理学会年会、2016年11月27日（つくば国際会議場、2016年11月25日～27日）

山本大輔、武藤梨沙
「バクテリオロドプシン球殻構造体の形成機構」
第54回日本生物物理学会年会、2016年11月27日（つくば国際会議場、2016年11月25日～27日）

山本大輔、野井健太郎、有田（森岡）健一、小椋光
「高速原子間力顕微鏡により観察されたAAAシャペロンp97の主要ATPaseリングの構造変化」
第53回日本生物物理学会年会、2015年9月13日（金沢大学角間キャンパス、2015年9月13日～15日）

角野 歩、内橋 貴之、山本 大輔、岩本 真幸、出羽 毅久、老木 成稔
「高速原子間力顕微鏡で見る膜中カリウムチャネルKcsAの動的挙動」
第53回日本生物物理学会年会、2015年9月13日（金沢大学角間キャンパス、2015年9月13日～15日）

野田悠斗、山本大輔
「高速原子間力顕微鏡によるバクテリオロドプシン球殻構造体の分子構造の観察」
第53回日本生物物理学会年会、2015年9月15日（金沢大学角間キャンパス、2015年9月13日～15日）

角野歩、内橋貴之、山本大輔、岩本真幸、出羽毅久、老木成稔
「高速原子間力顕微鏡で見るカリウムチャネルKcsAの動的挙動」
第92回日本生理学会大会、2015年3月21日（神戸国際会議場、2015年3月21日-23日）

山本大輔、野井健太郎、有田（森岡）健一、小椋光
「高速原子間力顕微鏡によるAAAシャペロンp97の主要ATPase（D2）リングの構造変化の直接観察」
第52回日本生物物理学会年会、2014年9月25日（札幌コンベンションセンター、2014年9月25日-27日）

半田裕之，山本大輔
「高速原子間力顕微鏡ピエゾドライバの広帯域駆動」
第52回日本生物物理学会年会、2014年9月27日（札幌コンベンションセンター、2014年9月25日-27日）

小俣愛美、山本大輔
「高速原子間力顕微鏡によるホウレンソウ由来グラナ膜の観察」
第52回日本生物物理学会年会、2014年9月27日（札幌コンベンションセンター、2014年9月25日-27日）

野田悠斗、山本大輔
「高速原子間力顕微鏡によるバクテリオロドプシン球殻構造体の分子構造の直接観察」
第52回日本生物物理学会年会、2014年9月26日（札幌コンベンションセンター、2014年9月25日-27日）

角野歩、山本大輔、岩本真幸、出羽毅久、老木成稔
「カリウムチャネルKcsAのゲート開閉と連動した膜中集合・離散」
第52回日本生物物理学会年会、2014年9月25日（札幌コンベンションセンター、2014年9月25日-27日）

角野歩、山本大輔、岩本真幸、出羽毅久、老木成稔
「カリウムチャネルKcsAのゲート開閉と連動した膜中集合離散：原子間力顕微鏡で明らかになった集団的振る舞い」
第24回バイオ・高分子シンポジウム（東京工業大学岡山キャンパス、2014年07月24-25日）

山本 大輔、野井 健太郎、有田（森岡） 健一、小椋 光
「高速原子間力顕微鏡によるAAAシャペロンp97の主要ATPase（D2）リングの直接観察」
第14回日本蛋白質科学会年会（ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア、2014年6月25日-27日）

角野歩、山本大輔、岩本真幸、出羽毅久、老木成稔
「カリウムイオンチャネルKcsAのゲート開閉と連動した膜中集合・離散挙動：原子間力顕微鏡による直接観察」
第91回日本生理学会大会、（鹿児島大学 郡元キャンパス、2014年3月16日-18日）

D. Yamamoto, K. Noi, K. Arita-Morioka, T. Ando and T. Ogura
"Observation of AAA chaperone p97 by high-speed AFM"
231st IMEG seminars & Minisymposium: Recent advances and future directions in high-speed AFM imaging ofATP/GTP-driven molecular machinery, February 20, 2014 (Institute of Molecular Embryology and Genetics, Kumamoto University, February 20-21, 2014)

A. Sumino, D. Yamamoto, M. Iwamoto, T. Dewa and S. Oiki
“Clustering-dispersion dynamics of the KcsA potassium channel in a lipid membrane”
Biophysical Society 58th Annual Meeting, Febrary 19, 2014 (Moscone Center, San Francisco, California, USA, February 15-19, 2014)

角野歩、山本大輔、炭竈享司、岩本真幸、出羽毅久、老木成稔
「カリウムイオンチャネルKcsAのゲート開閉とリンクした脂質膜中での集合・離散ダイナミクス」
日本生物物理学会第51回年会（国立京都国際会館、京都、2013年10月28日-30日）

T. Ogura, K. Noi, T. Okuno, K. Arita-Morikawa, D. Yamamoto, A. Okawa, H. Tsuchiya, Y. Saeki, T. Ando, M. Esaki and K. Yamanaka
“Dynamics of p97 and the 26S proteasome in action revealed by high-speed atomic force microscopy”
EMBO workshop on AAA+ Proteins: from mechanism and disease to targets (Commundo Hotel, Neuss, Germany, September 15-19, 2013)

シャテラン パスカル 槙人，山本 大輔
「原子間力顕微鏡によるバクテリオロドプシン球殻構造体の観察」
第35回日本分子生物学会年会（福岡国際会議場・マリンメッセ福岡、福岡、2012年12月11日-14日）

K. Noi, D. Yamamoto, S. Nishikori, K. Arita-Morioka, T. Ando and T. Ogura
“High-speed atomic force microscopy of ATP-dependent rotational movements of p97/VCP and its interaction with amyloid fibrils of TDP-43”
3rd Kanazawa Bio-AFM Workshop (KKR Hotel Kanazawa, Kanazawa, Japan, November 5-8, 2012)

山本大輔
「高速原子間力顕微鏡によるタンパク質1分子測定」
分子高次分子高次系機能解明のための分子化学－先端計測法の開拓による素過程的理解　第15回ミニ公開シンポジウム、2012年1月、（大阪大学、大阪）

野井 健太郎, 山本 大輔, 錦織 伸吾, 有田(森岡) 健一, 安藤 敏夫, 小椋 光
「高速AFMを用いた分子シャペロンp97のダイナミクス解析」
CREST「生命現象の解明と応用に資する新しい計測・分析基盤技術」研究領域シンポジウム,　(東京ガーデンパレス、東京、2011年12月12日-13日)

K. Noi, D. Yamamoto, S. Nishikori, K. Arita-Morioka, T. Ando and T. Ogura
“Observation and characterization of dynamic ATP-dependent movements of p97 AAA ATPase using high-speed atomic force microscopy”
9th International Conference on AAA Protein (Kumamoto University, Kumamoto, Japan, November 6-11 2011)

K. Noi, D. Yamamoto, S. Nishikori, K. Arita, T. Ando, and T. Ogura
"Observation and characterization of dynamic ATP-dependent movements of the p97 AAA ATPase using high-speed atomic force microscopy"
日本生物物理学会第49回年会（兵庫県立大学・姫路書写キャンパス、2011年9月16-18日）

K. Noi, D. Yamamoto, S. Nishikori, K. Arita-Morioka, T. Ando and T. Ogura
“Observation and characterization of ATP-dependent dynamic movements of the p97 AAA ATPase using high-speed atomic force microscopy”
KEY Forum in Developmental Biology and Regenerative Medicine-Supported by Global COE and IMEG (Kumamoto City International Center, Kumamoto, Japan, September 8-9 2011)

野井 健太郎，山本 大輔，錦織 伸吾，有田 健一，安藤 敏夫，小椋 光
「AAAファミリー蛋白質p97 のATP 依存的な構造変化の解析」
第11回日本蛋白質科学会年会 (ホテル阪急エキスポパーク　2011年6月7日-6月9日)